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電腦軟件推薦: SnapGene v5.2.3 綠色漢化版 大番茄一鍵重裝系統(tǒng) vv5.7.10 純凈版 易歪歪正版 元?dú)獗诩?v5.25.8 破解版本
SnapGene是一款專(zhuān)業(yè)的分子生物學(xué)工具軟件,它為用戶(hù)提供了一系列強(qiáng)大的功能,可以更方便地處理、分析和模擬DNA序列信息。軟件不僅支持導(dǎo)入現(xiàn)有的DNA序列數(shù)據(jù),還能進(jìn)行深入的研究與分析,從而大幅節(jié)省實(shí)驗(yàn)時(shí)間與成本。需要的朋友可以前來(lái)下載體驗(yàn)。
SnapGene的核心功能
1.1 質(zhì)粒圖譜
以pUC57質(zhì)粒為例,如何繪制其質(zhì)粒圖譜?
首先,在NCBI網(wǎng)站下載pUC57的FASTA序列。打開(kāi)SnapGene,選擇“New DNA File”,粘貼序列后點(diǎn)擊【OK】(由于是環(huán)狀質(zhì)粒,這里選擇了默認(rèn)的Circular)。軟件會(huì)自動(dòng)識(shí)別包括氨芐抗性基因(AmpR)、lac操控子、復(fù)制起點(diǎn)(ori)等9個(gè)常見(jiàn)元件,點(diǎn)擊【Add 9 features】進(jìn)入主界面。
進(jìn)入主界面后,工具欄位于頁(yè)面頂部,下方則展示各個(gè)界面,功能大致如下:
1.2 質(zhì)粒圖譜的編輯方法
(1) 序列標(biāo)注
當(dāng)序列文件打開(kāi)時(shí),軟件自動(dòng)識(shí)別并標(biāo)注了9個(gè)常見(jiàn)元件,生成了載體圖譜。在Sequence界面,您可以看到這些元件已經(jīng)被標(biāo)注。如果需要修改,雙擊“l(fā)acZa”的文字,進(jìn)入feature編輯界面,可以調(diào)整名稱(chēng)、方向、范圍、顏色等,編輯完成后點(diǎn)擊【OK】即可。新增注釋時(shí),只需選定目標(biāo)序列,點(diǎn)擊工具欄的【Features】—【Add Feature】進(jìn)入編輯界面。
(2) 設(shè)計(jì)引物
選定一段序列后,SnapGene會(huì)自動(dòng)給出序列長(zhǎng)度與Tm值,方便調(diào)整引物。通過(guò)點(diǎn)擊工具欄中的【Primers】—【Add Primers】進(jìn)入引物設(shè)計(jì)界面,您可以設(shè)計(jì)正向或反向引物,設(shè)置好名稱(chēng)后,點(diǎn)擊【Add Primers to Template】,即可在Sequence界面看到添加好的引物序列。
(3) 圖譜導(dǎo)出
點(diǎn)擊工具欄中的【File】—【Export】—【Map】可以導(dǎo)出質(zhì)粒圖譜,支持多種格式,包括常見(jiàn)的TIFF、PNG等圖像格式,也可以生成PDF文檔。
2 序列比對(duì)
SnapGene的序列比對(duì)功能尤為突出,它支持雙向序列比對(duì),無(wú)需考慮方向問(wèn)題。操作簡(jiǎn)便,點(diǎn)擊左側(cè)工具條下方的比對(duì)按鈕,導(dǎo)入要比對(duì)的序列即可。比對(duì)結(jié)果會(huì)用紅色標(biāo)出不同部分。
此外,SnapGene支持導(dǎo)入測(cè)序文件(.abi格式)。例如,可以先打開(kāi)參考序列,再導(dǎo)入多個(gè)測(cè)序文件進(jìn)行比對(duì),結(jié)果會(huì)展示多序列比對(duì),點(diǎn)擊左側(cè)序列即可查看相應(yīng)的峰圖。
SnapGene的特色
1、對(duì)學(xué)生、博士后及技術(shù)人員的好處
提升工作效率
SnapGene讓DNA操作更為直觀,并且在錯(cuò)誤發(fā)生之前及時(shí)提醒用戶(hù)。
輕松記錄實(shí)驗(yàn)過(guò)程
軟件會(huì)自動(dòng)記錄每一個(gè)DNA操作,幫助用戶(hù)查看操作歷史,隨時(shí)可以檢索到之前的結(jié)構(gòu)序列。
隨時(shí)學(xué)習(xí),提升技能
對(duì)于不熟悉克隆技術(shù)或其他實(shí)驗(yàn)方法的用戶(hù),SnapGene的界面直觀易懂,可以幫助他們迅速掌握操作流程。
輕松共享數(shù)據(jù)
SnapGene的.dna文件可以通過(guò)免費(fèi)的SnapGene Viewer與全球同事共享,帶注釋的地圖和序列可以隨時(shí)查看。
2、對(duì)PI和實(shí)驗(yàn)室管理者的好處
加速實(shí)驗(yàn)進(jìn)程
實(shí)驗(yàn)室成員不再浪費(fèi)時(shí)間在錯(cuò)誤的克隆程序上,從而快速獲得理想的結(jié)果。
減少教學(xué)時(shí)間
SnapGene作為一款教學(xué)工具,即使是新手克隆者也能快速上手。
節(jié)約成本
即使是經(jīng)驗(yàn)豐富的科學(xué)家也會(huì)因設(shè)計(jì)錯(cuò)誤而失敗,通常至少10%的程序因錯(cuò)誤設(shè)計(jì)而導(dǎo)致失敗。使用SnapGene能夠避免這種損失,長(zhǎng)期來(lái)看能大幅節(jié)約實(shí)驗(yàn)成本。
保持更高效的實(shí)驗(yàn)記錄
SnapGene自動(dòng)生成每次序列編輯和克隆操作的記錄,確保即使實(shí)驗(yàn)室成員離開(kāi)后,仍能準(zhǔn)確回溯構(gòu)建過(guò)程。
3、對(duì)IT部門(mén)的好處
SnapGene提供靈活的許可選項(xiàng),可以在整個(gè)實(shí)驗(yàn)室或公司范圍內(nèi)實(shí)施,并隨著需求擴(kuò)展。
4、對(duì)行業(yè)的好處
加速研發(fā)進(jìn)程
SnapGene憑借其直觀的界面、強(qiáng)大的可視化和仿真功能,幫助研發(fā)工作更快速地推進(jìn)。
輕松記錄
軟件自動(dòng)記錄每次序列編輯和克隆的詳細(xì)圖形歷史,確保構(gòu)建過(guò)程始終可追溯。
始終跟上需求
SnapGene持續(xù)更新,并根據(jù)用戶(hù)反饋優(yōu)化功能,不斷推出新功能。
數(shù)據(jù)安全與知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù)
SnapGene不將數(shù)據(jù)鎖定在特定格式或存儲(chǔ)位置,確保用戶(hù)對(duì)數(shù)據(jù)的完全控制。桌面許可保證數(shù)據(jù)在公司防火墻內(nèi)的安全。
無(wú)縫對(duì)接
SnapGene支持多種文件格式,用戶(hù)可順暢地將所有數(shù)據(jù)從舊軟件遷移至SnapGene。
SnapGene功能詳細(xì)介紹
1、In-Fusion克隆
Clontech的In-Fusion克隆技術(shù)用于無(wú)縫基因融合,SnapGene是第一個(gè)支持此技術(shù)的模擬軟件。用戶(hù)只需選擇要融合的DNA片段,SnapGene即可自動(dòng)設(shè)計(jì)引物。
2、Gibson組裝
許多研究者選擇Gibson組裝方法,它無(wú)需限制性酶即可將DNA片段拼接到質(zhì)粒中。SnapGene簡(jiǎn)化了Gibson組裝的設(shè)計(jì)過(guò)程,并自動(dòng)化了引物設(shè)計(jì)。
3、限制性克隆
SnapGene為限制性克隆提供了一個(gè)清晰的界面,展示了所有所需信息。無(wú)論是已有方案還是需要修正的設(shè)計(jì),SnapGene都能幫助用戶(hù)快速完成克隆模擬。
4、PCR與誘變
設(shè)計(jì)好的引物可用于常規(guī)PCR、重疊延伸PCR或誘變實(shí)驗(yàn)。生成的DNA序列可以立即用于后續(xù)操作。
5、自動(dòng)保存
SnapGene會(huì)自動(dòng)記錄每次序列編輯及克隆、PCR或誘變操作的歷史,確保構(gòu)建過(guò)程可追溯。
6、瓊脂糖凝膠電泳
SnapGene采用先進(jìn)算法生成真實(shí)的瓊脂糖凝膠模擬圖,顯示限制性片段的三種形式:模擬凝膠、數(shù)值列表和序列圖。
7、酶位點(diǎn)
SnapGene突出顯示限制酶位點(diǎn),并自動(dòng)標(biāo)注甲基化阻斷的酶位點(diǎn),用戶(hù)還可選擇常用酶組或定義自定義酶組。
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